秸秆生产有机肥生产线采用先进的堆肥发酵工艺，接种高速高效发酵菌剂，使得秸杆纤维素迅速分解转化，各种病原菌、杂草种子和蛔虫卵等均得到杀死，生产稳定性较强、养分种类齐全的生物有机肥。我们将秸秆与生物粪便相结合然后使用有机肥生产线设备进行加工，然而所产出的生物有机肥便含有农作物生长所需的氮、磷、钾等大量元素，而且大多以有机形态存在，有机肥料既可满足作物生长需要，还可提高作物对不良环境的适应能力。有机肥相对比化肥而言具有不偏肥、不缺素、稳供、长效等特点。既可使秸杆废弃物得到无害化处理，又可以通过生物有机肥增产增效，实现生态效益和经济效益的统一。
秸秆加工有机肥工艺重点：
(1) 秸秆处理 首先应将秸秆粉碎机将物料粉碎到一定的细度，然后还必须向其中添加适量的家禽粪尿或污泥等原料调整堆肥物料的碳氮比和水分，或者添加菌种和酶。
(2)发酵 分两个阶段：一是前发酵，可在露天或发酵装置内进行，通过翻堆式强制通风为堆积层或发酵装置内供给氧气，以秸秆为主体添加畜禽粪便，好氧堆肥的主发酵期约为3～10天。二是后发酵，经过主发酵的半成品送到后发酵工序，将主发酵工序尚未分解的易分解有机物和较难分解的有机物进一步分解，使之变成腐殖酸、氨基酸等稳定的有机物，得到完全腐熟的有机肥制品，后发酵时间通常在20～30天以上。
(3)发酵后处理 可根据需要将其进一步烘干、粉碎，将物料变为合格的有机肥原料。
(4)贮藏 堆肥一般在春秋两季使用，在夏冬就必须积存，储存方式可直接堆存在发酵池中或袋装，要求干燥而透气。 以上所述便是秸秆加工有机肥所需注意的重点，而此种方法的适合在我国秸杆资源丰富的粮食产区和环境容量有限的地区进行推广，尤其适合环境问题比较突出的城乡结合地区使用。