政府投资建设的畜禽粪便集中处理中心采用市场化运营后，由具备相应资质的专业公司、农民合作社及行业协会等社会主体具体运营，成立收集服务队伍，完善服务体系。 第一，根据服务区内畜禽养殖污染的现状及地形、交通等条件，建立区域养殖户畜禽粪便产生源数据库和服务区域信息地图，划定片区，建立收集点、收集位置、收集频率和所需人工，分片区平衡设计收集路线，每个片区确定1名责任人，负责本片区的粪便收集，并制订收集计划表，将每天的清运计划安排到户（GPS跟踪），统一调配，即时管理，确保工作有序高效展开。第二，基于养殖场（户）的养殖种类、粪便产生量、粪粪便收集方式、地理位置分布和运输成本，确定最优的畜禽养殖粪便无害化处理与资源化利用模式，并择优选用高附加值的处理技术。第三，建立运行台账，包括与养殖户签订的粪便收集台帐、处理中心运作资金明细台账、粪便资源化利用去向及经济效益台账。政府根据原台帐、养殖户和种植基地反馈情况，拨付运行费用及相关的奖惩补助资金。